中国科学院大学重庆医院(重庆市人民医院)是重庆市首批三级甲等综合性医院。经重庆市政府批准，由原重庆市第三人民医院、重庆市中山医院合并组建，于2016年3月25日挂牌成立。2018年6月12日，在重庆市委市政府、市卫生健康委的支持下，与中国科学院大学签约共建中国科学院大学重庆医院（保留重庆市人民医院编制），成为中国科学院大学直属附属医院。2018年11月18日，依托医院成立了中国科学院大学重庆临床医学院

医院学科门类齐全、优势学科集聚。拥有国家神经系统疾病临床医学研究中心重庆分中心、重庆市心肺血管疾病医疗研究所、重庆市老年病防治研究所、重庆市骨伤骨病医疗中心、重庆市临床检验中心、重庆市眼耳鼻咽喉科医院、重庆市博士后科研工作站等，为持续提升医疗服务能力和医学学科发展提供了坚实基础。医院现有临床医技科室56个，拥有1项国家疑难病症诊治能力提升工程项目（心血管外科），1个国家临床重点专科（过敏反应科），5个重庆市医学重点学科（心血管外科、骨科、老年病学科、耳鼻咽喉科学、医学检验科），14个重庆市临床重点专科（重症医学科、检验科、麻醉科、呼吸内科、骨科、老年病科、医学影像科、神经外科、消化内科、神经内科、心血管内科、普通外科、心胸外科、肿瘤科），1个重庆市特色医学专科（康复医学科），4个临床研究中心（心血管外科学、检验医学、耳鼻咽喉学、老年疾病学），5个国家及重庆市重点实验室（国家发改委血管植入物工程实验室、肾脏病透析治疗研究室、临床检验质量控制研究室、结核基因诊断中心实验室、神经变性病实验室）。医院形成了以心血管外科、耳鼻咽喉头颈外科、骨科、肝胆胰腺外科、乳腺甲状腺外科、老年病科、医学检验科为主的具有重要影响力的学科群。

医院高端人才汇集、专业实力雄厚。现有职工2500余人，其中专业技术人员2100余人，双聘院士1人，高级职称近400人，博士70余人，拥有一批国务院政府特殊津贴专家、重庆市突出贡献专家、市级学术技术带头人以及博士、硕士研究生兼职导师，是国家住院医师规范化培训基地、国家临床药师规范化培训基地、国家药物及医疗器械临床试验机构、重庆市护士规范化培训基地。

重庆市人民医院三院院区前身是1929年创立的国民政府中央医院，1939年迁至重庆。1945年在学田湾设立国民政府中央医院城区门诊部，1947年该门诊部迁至现址，更名为国民政府中央医院重庆城区分院，1950年后相继整编为西南军政委员会、西南行政委员会直属医院。1951年负责西南局机关干部医疗保健工作，1954年设置全市唯一一家地专级以上高级干部病房（直至20世纪80年代），1955年正式命名为重庆市第三人民医院。1985年成为重庆市唯一的副厅级医院，1991年增挂重庆市老年病防治研究所，1993年成为全市首批三级甲等医院，1997年增挂重庆市临床检验中心，2003年增挂重庆市眼耳鼻咽喉科医院，2006年增挂重庆中俄友好医院。

重庆市人民医院中山院区前身是1935年创立的重庆义林医院，位于重庆市渝中区中山一路。1950年命名为重庆市第二人民医院。1961年按中央卫生工作会议决定进行学科调整，组建成全国唯一的外科医院即重庆市外科医院，同期建成中国第一个肝胆外科临床科室。1995年增挂重庆市心肺血管疾病医疗研究中心，1996年增挂重庆市骨伤骨病医疗研究中心，2001年更名重庆市中山医院。2012年与重庆市肺科医院合并组建重庆市中山医院。

重庆市人民医院江北院区前身是重庆市肺科医院，创建于1956年，以呼吸疾病尤其是结核病防治为主，是西南地区较大的治疗各种肺部疾病和重庆市指定治疗结核病专科医院。医院曾用名为重庆市江北干部疗养院，后更名为重庆市第二结核病医院，1984年被市政府正式定名为重庆市肺科医院。1996年经市政府批准，增挂重庆市第十二人民医院牌子。2012年与原重庆市中山医院正式合并成立重庆市中山医院。2019年12月27日，江北院区停诊。